Balai Pengujian Mutu Alat dan Mesin Pertanian dibentuk pada tahun 2002 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pertanian Nomor 402/Kpts/OT.210/6/2002 tanggal 28 Juni 2002 tentang Organisasi dan Tata kerja Balai Pengujian Mutu Alat dan Mesin Pertanian dengan tugas pokok melaksanakan pengujian mutu dalam rangka sertifikasi dan standardisasi alsintan.

Balai Pengujian Mutu Alat dan Mesin Pertanian sebagai Unit Pelaksana Teknis (UPT) di bawah Direktorat Alat dan Mesin Pertanian, Direktorat Jenderal Bina Sarana Pertanian mulai beroperasional pada tanggal 21 Januari 2003 dengan lokasi kantor di Jl. Rawa Bambu Raya No. 13 B Pasar Minggu Jakarta Selatan.

Karena adanya reorganisasi di Departemen Pertanian maka diterbitkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 44/Permentan/OT.140/10/2006 tanggal 3 Oktober 2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pengujian Mutu Alat dan Mesin Pertanian ditetapkan bahwa Balai Pengujian Mutu Alat dan Mesin Pertanian merupakan UPT di bawah Direktorat Mutu dan Standardisasi, Direktorat Jenderal Pengolahan dan Pemasaran Hasil Pertanian dengan tugas pokok melaksanakan pengujian mutu alat dan mesin pertanian.

Pada tanggal 17 Maret 2008 lokasi kamtor Balai Pengujian Mutu Alat dan Mesin Pertanian pindah ke Jl. Raya Pos Citayam, Kel. Bojong Pondok Terong, Kec. Pancoran Mas, Depok 16431.